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总的而言，控诉证据在合法性方面易出现问题的主要集中在下列几个方面，笔者认为在刑事辩护中辩护人可针对其依法进行审查和判断：
1、审查和判断取证途径是否合法。
实践中侦查机关犯罪嫌疑人和证人非法取证主要表现在两个方面，一种是对犯罪嫌疑人采取变相的刑讯逼供方法获取口供;另一种是如前所述对证人采取恐吓或诱惑等办法获取有利于控方的证言。
关于前一种情况，因目前侦查机关采用肉刑等直接刑讯逼供获取口供现象相对较少，即使发生了，也因为辩方难于取得相关的证据佐证而使被告人(犯罪嫌疑 人)无法得到相应的法律救济。另一方面，部分侦查机关为避免肉刑等直接刑讯逼供给其带来的各种潜在风险，现已较多改用超长时间轮番审讯、噪音干扰、强光照射等非肉刑方法，从而使犯罪嫌疑人无法得到正常休息，并因不堪忍受其精神折磨而交代相关问题，这就是我们所谈到的变相刑讯逼供的问题。
侦查机关在使用上述方法时一般会做到不留痕迹，而犯罪嫌疑人则有苦难言，之后即使翻供，其作出的相反供述大都不会被采纳，还要给法庭留下认罪态度不好的印象。
因此，认真审查侦查机关的审讯笔录并发现其中隐含的问题就显得非常必要了。一般而言，审查其笔录中记录时间往往可以发现这些问题。
我国《刑事诉讼法》第九十二条明确规定了对犯罪嫌疑人传唤的时间不得超过十二个小时，根据这个规定的精神理解，一次完整的审讯笔录记载的时间超过十二个小时可视为违法。
同时，我们也可以想象，一个人在连续十二个小时以上不吃不喝的情况下作出的供述的真实性和客观性究竟有多大。笔者曾受理的一件轰动一时的广州王某爆炸罪一案，犯罪嫌疑人自预审阶段后期便开始翻供，认为侦查员对其刑讯逼供，侦查机关根本不予承认。笔者经阅卷后发现在犯罪嫌疑人总共所作的三次有罪供述中，笔录显示有两次连续询问时间超过十二个小时，其中一次更长达二十二个小时。据此笔者认为侦查机关取证时有实施疲劳战术进行精神折磨的变相刑讯逼供的行为，由此获取的证据在真实性方面存在瑕疵，不能如实、全面反映犯罪嫌疑人的主观心态和客观行为，建议法庭不能将其作为证据使用。此举引起了法庭的重视，马上决定延期审理，并重新审查了该份证据。虽然本案因其他原因，结果最终未能改变，但法庭的态度也足以说明其对证据来源必须合法的认同感。
关于后一种情况，因为目前辩方对证人(尤其是像行贿人这一类污点证人)证言是否真实较难判断，而对其取证又有一定的限制，同时也有一定的风险。故如证 人自己认为侦查机关对其所取证言并不真实时，最好向法庭申请传唤证人出庭作证，然后再在质证时根据本案事实和相关证据对证人证言做出正确的判断，这样取得的证言易令控方无话可说，也更易被法庭采纳。
2、审查和判断取证主体是否合法。
按照我国《刑事诉讼法》的规定，对刑事诉讼证据取证的合法主体只能是拥有侦查权的司法机关的司法人员，以及拥有受托辩护权的辩护人。而在实践中，一些涉及国家工作人员犯罪的案件及一些由纪检、监察、工商、税务机关等与司法机关联合办理的专案，往往会出现其中的某些非司法机关的非司法人员参与共同审讯犯罪嫌疑人的情况。笔者去年受理的广东某市一家国有公司的经理荆某某挪用公款一案时就发现，控方提供的几份荆某某的有罪供述笔录中，均有该市纪检监察人员或作记录或任主审人员的现象。这一类证据显然存在缺陷，并且不应作为证据使用。因为纪检监察机关毕竟只是党内纪律检查和行政机关的内部监察机构，没有法律所赋予 的刑事诉讼证据取证权，故其不是刑事诉讼中的合法取证主体。不仅如此，像前面提到的工商、税务等非司法机关，以及村治保会、保安人员等组织及个人，其询问 有关案件犯罪嫌疑人的笔录和调查材料，都不能直接作为刑事诉讼证据使用。
3、审查和判断取证程序是否合法。
刑事诉讼中的取证程序是否清晰、手续是否完备也是衡量控诉证据是否具备合法性的标准之一。实践中，控诉证据取证程序不合法主要表现在下列几个方面：
(1)以侦(查)代(起)诉，程序颠倒。
我国刑事诉讼法第三条及第七条规定了公、检、法三机关在刑事诉讼中的侦查 、起诉、审判阶段应当分工负责、互相配合、相互制约、各司其职的基本原则。但在笔者经办的一些公诉机关提前介入的案件中，就曾发现过检察人员与公安人员在 补充侦查阶段联合审讯犯罪嫌疑人的情况，并且还制作了笔录提交给法庭。这样的笔录肯定也是违法的，因为其不仅违反了刑事诉讼法的基本原则，而且还因为检察 机关的越俎代庖行为，从而使彼此之间的制约和监督失去意义。
(2)侦查员对犯罪嫌疑人讯问时只有一人自审自记，或者笔录显示为两人，但实际上讯问人为一人。
譬如笔者和几位同行最近受理的一件发生在深圳的罗某某等雇凶杀人案，就发现同一天同一时间段侦查机关对两个不同的犯罪嫌疑人的讯问笔录，均出自同一侦查员之手迹，这说明其中一份笔录肯定存在作假的可能性。于是我们立即向法庭质疑该两份证据的真 实性与合法性，法庭当即宣布必须重新审核该证据后再决定是否采用。
(3)讯问未成年的犯罪嫌疑人的时候，不按规定通知有关人员到场。按照公安部1998年5月14日发布实施的《公安机关办理刑事案件程序规定》第一百八十 二条的规定，侦查人员讯问未成年的犯罪嫌疑人时，除有碍侦查或者无法通知的情形外，应当通知其家长、监护人或者教师到场。而实践中，目前大多数未成年犯罪 嫌疑人被讯问时都未能完全按此规定进行，或者控诉证据中对侦查机关在讯问未成年犯罪嫌疑人时有无履行过上述程序作过充分的说明。
(4)搜查、扣押笔录无见证人签名。
我国刑事诉讼法第114条及《程序规定》第二百零八条、二百零九条、第二百一十三条、第二百一十四条之规定，侦查人员进行搜查或扣押物证、书证时，应 当有被搜查人(物、书证持有人)或者他的家属阾居或者其他见证人在场，并且上述在场人员包括阾居等见证人都必须在《搜查笔录》、《扣押物品、文件清单》上 签名或盖章;如其拒绝签名、盖章的，侦查人员应当在笔录上注明。但在实践中，可能是嫌麻烦或有所遗漏，经常可以看到上述笔录及清单中无见证人一栏，更别说 让其签名和盖章了。
(5)鉴定结论在侦查阶段极少告知过犯罪嫌疑人。 《程序规定》第二百四十一条、第二百四十二条分别规定了侦查机关应当将用作证据的鉴定结论在侦查阶段告知犯罪嫌疑人的制度，以便犯罪嫌疑人对鉴定结论有异议时可提出重新鉴定的申请。但在实践中，侦查机关出于犯 罪嫌疑人得知鉴定结论对自己不利后可能翻供，从而增加侦查工作难度的考虑，常常有意无意将此结论拖到移送起诉后，甚至到庭审时才出示。犯罪嫌疑人仓促间很难对此提出新的意见，即使提出了，也因为过了最佳鉴定时机而难于作出公正、准确的鉴定。
(6) 侦查机关在对犯罪嫌疑人辨认的时候不按规定程序进行。 《程序规定》第二百四十七条、第二百四十九条、第二百五十一条的规定，侦查人员在组织辨认前，应当向辨认人详细询问辨认对象的具体特征，避免辨认人见到辨 认对象;辨认犯罪嫌疑人时被辨认对象应当混杂在其他对象中，并且被辨认人不得少于七人;对照片进行辨认的不得少于十人的照片;辨认的经过和结果，应当制作《辨认笔录》，由侦查人员签名，辩护人、见证人签字或者盖章。而在实践中，不少侦查机关(主要在基 层部门)都不能完全做到这一点，辨认时不是被辨认人数(照片)不够，就是忘了做辨认前的询问犯罪嫌疑人特征笔录，也很少叫见证人在场。在刑事诉讼过程中，只要发现控诉证据在取证中存在上述程序方面的缺陷，都可以建议法庭依法不予采纳。
4、审查和判断证据的外在表现形式是否合法。
我国刑事诉讼法以及相关的司法解释和公安部的部门规章都对控诉证据应该以何种形式出现作了严格的规定。比如单位证明的效力问题，最高人民法院在 1998年6月29日发布的关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第五十四条规定及公安部的《程序规定》第五十三条第二款的规定，向有关单 位收集和调取的证据材料，必须由盖章提供人签名，并加盖单位印章才有效。
而在实践中控诉证据的单位证明部分，通常是除了单位盖章外，很少有提供人的签名。 在这种情况下，该证据的证明效力就值得怀疑了。因为单位出具的证明材料，从形式上看，并不属于我国刑事是诉讼法所规定的七种证据之列。
因为其既不可能是物证(能够证明案件真实情况的物品或者物质痕迹的证据)，也不可能是书证(以文字、符号、图画等所表达的思想内容来证明案件事实的书面文件或其他物品的证 据)。从另一个方面来说，仅有单位盖章而无提供人署名，其一旦成为伪证时，又因为其作伪证的主体为单位而无法承担相应的法律后果，从而易导致某些人因可免受法律追究而以单位为名滥开证明。
故最高人民法院的司法解释和公安部的办案规程才对其外在表现形式作了严格的规定。
另外，像法医鉴定结论、现场勘验笔录、 司法精神病鉴定书、会计报告、评估认定书等由专业技术人员经一定的专业技术 分析判断后才作出的书面证据材料，其外在表现形式的合法性要求就更严格――不仅要详细说明内容、理由和依据，还要注明参与人员的身份、人数、参与人及单位 的资质等，每个环节缺一不可。 总之，审查和判断控诉证据的合法性是一项艰苦而细致的工作，实践中要真正把握好并不容易。但如果能及时发现其中的问题，并足以引起法庭的注意，将会带来强 烈而良好的庭审辩护效果。长远而言，也有利于促使侦查、起诉及审判机关更加严格依法办案。